1987年，在北京人民大会堂西侧（现国家大剧院地址）建全国人大常委会办公大楼，邀请全国各大建筑设计院一百多名建筑师到北京现场设计。田守林、陈艾先代表上海院去北京做现场设计。照片为田守林向时任全国人大委员长彭真做方案汇报，并得到了彭真委员长的好评。

1992年8月，上海市建委、财政局、税务局发出通知，从1992年起，在上海市甲级勘察设计单位试行经济承包责任制。同年8月28日，“两院”分别与上海市建委、黄浦区税务局签订院经营承包协议书，在探索市场化的道路又向前进了一大步。1995年5月11日，“两院”被建设部列为全国参加现代企业制度试点的32个大型勘察设计单位之一。 此时，大量海外著名设计公司进入中国，“两院”开始有机会和国际著名建筑公司合作，如丹下健三、贝聿铭等。市场的挑战和技术的挑战，“两院”都积极参与。“两院”早期同国外合作的项目有：同香港王董合作的新锦江大酒店和华亭宾馆、同香港协建事务所合作的静安希尔顿酒店、同新加坡赵子安事务所合作的国际贵都大酒店、同美国李栋材事务所合作的虹桥迎宾馆等等。随后，“两院”又合作设计了一些大型项目，如上海大剧院、正大广场、中国工商银行、上海银行大厦等，这些项目的成功建设，使“两院”的设计人才获得了宝贵的经验和开放交流的信息，自身竞争力得到显著增强，涌现了一批国家级的院士大师。 1984年11月，我国进行首次南极考察，建立了第一个科考站——长城站。1991年华东院承担了长城站综合库、食品库的建筑设计。经过漫长岁月的使用和考验，该建筑至今仍屹立在南极的土地上。